试管中菌丝长满试管，就可进行原种繁殖。二，母种向原种扩繁。母种扩繁成原种需要经历以下几个步骤，分别是培养基制作、培养基装瓶（袋）灭菌、接种、原种培养等。【1】培养基制作。培养基的原料种类，由蘑菇种类决定，是制作植物籽粒种、还是木屑种、或者是枝条种，由种植者自行决定。培养基制作时，要注意培养基的配方组成，组成依据是种植蘑菇品种所要求的培养基的碳氮比，同时注意培养基的含水量和PH值要达到要求，在培养基搅拌过程中，各种原料要搅拌均匀。
【2】培养基装瓶（袋）和灭菌。▪培养基制作完毕，就要装瓶（袋）后灭菌，菌种瓶（袋）要选用专业标准的制式，利于机械装瓶（袋）。▪灭菌可采用常压和高压灭菌两种方式。灭菌时要注意以下几点:⑴常压灭菌要注意种瓶（袋）的摆放，特别是采用袋装的原种，要注意摆放时不能挤压，袋间要有合适间距，不能影响灭菌效果。⑵常压和高压灭菌都要排尽灭菌仓中的冷气，避免灭菌仓内形成冷死团，造成灭菌不彻底的后果。
⑶常压灭菌和高压灭菌，都要保证灭菌时长和灭菌温度。常压灭菌温度为100℃，并在这个温度条件下持续12小时以上，期间出现温度降低，要重新计时。高压灭菌温度要达到121℃，压力达到0.105Mpa在这个状态下保持90~120分钟。⑷常压灭菌，灭菌完毕，培养基瓶（袋）要继续在灭菌仓中放置10小时以上，这个过程称为焖锅，可以增强灭菌效果。
【3】接种。接种可以在接种箱中完成，也可以在接种室中完成，前提是必须做好接种箱和接种室的消毒灭菌，使其处于无菌状态。⑴接种前接种箱或接种室的灭菌。▪接种箱采用福尔马林或绿霉净、百菌清等灭菌药剂擦拭，结合必洁仕或菇虫净、菇菌净等气雾剂熏蒸的方法进行灭菌处理。熏蒸灭菌时，接种工具一并接受灭菌处理。▪接种室采用必洁仕或菇虫净、菇菌净等气雾剂熏蒸灭菌，结合紫外线照射的方法进行。
灭菌时，缓冲间与更衣室同步进行，接种工具、接种人员着装一并接受灭菌处理。⑵做好试管种带进接种箱或接种室的前后消毒灭菌。试管种进入接种箱或接种室前要用75%酒精全面擦拭试管外壁，进入后再次擦拭试管外壁和试管与胶塞连接处。⑶做好接种时的保护。▪接种箱接种要在酒精灯火焰保护下进行接种。▪接种室接种时，要全程开启接种保护器。
⑷接种时，要减少菌种暴露时间。▪接种箱接种时，接种完毕，要立即扎紧原种袋口或盖好瓶塞。▪接种室接种时要严格执行接种操作规程，人员要换好着装，做好手部消毒，经缓冲间进入接种室，尽量避免走动，防止扬尘感染，接种完毕立即盖好瓶口或扎紧袋口，减少菌种空间暴露时间。接种完毕，需迅速把原种瓶（袋）运进菌种培养场所，进行培养。
【4】菌种培养。菌种进入培养场所前需对场所进行灭菌杀虫处理，采用绿霉净结合菊酯类杀虫剂喷洒，再用硫磺或菇虫净等气雾剂熏蒸的方法，保证培养场所内没有杂菌和害虫及其虫卵的残留，要做好以下几点。⑴按蘑菇品种菌丝体生长需要调节好温度、空间相对湿度、光照和空间氧气含量。使各项环境因素处于最适宜菌丝体生长状态，以促进菌体健壮、快速生长。
⑵要使对菌种瓶（袋）的检查实行常态化，定时进行检查，一旦发现问题及时处理。发现杂菌感染，立即密封染菌菌袋，并移出培养场所，远离场所深埋或焚烧。⑶做好门窗、通风通道和与外界相通通道的防护，如处于夏季需安装防虫网，防止害虫飞入，危害菌种，或在菌种中产卵。菌丝长满原种瓶（袋），原种培养成功。三，原种向栽培种扩繁。
原种向栽培种扩繁，与母种向原种扩繁，方法和步骤一致，可参考上述方法进行，这里不做赘述。种植蘑菇的菌种自繁，最重要的是，在扩繁过程中，最重要的是防止杂菌的侵染，菌种一旦染菌，产生的为害不在于菌种本身的损失，可能为今后的种植埋下隐患。所以必须做好培养基的灭菌，接种场所的灭菌消毒，接种操作规程的执行，以及培养场所的消毒灭菌，同时做好培养场所各环境因素的调控，保证菌种质量安全，就是保证接下来种植过程的安全。
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