历史上，木府的主人即是「木氏土司」。木氏土司是明清时期云南的三大土府之一，其民族归属于纳西族。而木氏家族就是明清时期掌控一方的封建领主。按照目前流传在丽江的传说，木氏一族的祖先早在唐朝时期就已经在今丽江一带生息繁衍。公元1253年蒙古军队南下西南，为攻占段氏大理国，曾过境木氏先祖所管辖的领地。后蒙古军队成功覆灭大理段氏。
为表感谢，蒙古人册封木氏先祖纳西族首领和牍之子为「茶罕章管民官」，十年之后，蒙古人又将这一官职改封于丽江纳西族首领阿良。转瞬间，时间又过去了一百多年。公元1382年，阿良第五代后人孙阿得眼见元朝统治已大势已去，遂率众归附于明朝。明太祖朱元璋亲赐阿得姓“木”。之所以叫“木”，是因为朱元璋为表阿得的一番归顺诚意，故将自己的皇姓“朱”，去掉一撇和一横，这样以来就成了汉字中的木字。
朱元璋还下令改姓后其家族继续承袭原元朝时代的土司知府。其管理统治范围除了旧有的原封地外，还含有滇、川、藏等部分地区。明朝皇帝对其姓氏的亲赐，也直接说明了明朝中央政府对这丽江这一封建领主家族的重视。其实质目的无非就是想借助这一地方家族势力来维系明朝西南边陲的稳定与安宁。更姓之后木氏土司家族便开始在丽江地区像元朝时代一样继续世代世袭。
而木氏家族为了保持其家族的高贵与既得利益。推出了一套官员姓木，普通老百姓姓禾的制度。（木增，丽江第十九代土司，著名藏学家）木氏家族承袭丽江统治之后，大力兴修水利，发展农牧业及手工业；此外木氏家族还非常注重教育，崇文兴儒。且常勉励教导子孙习礼仪，知诗书。木氏家族自被明中央政府正式“收编”以后，开始听命于中央政府。
明朝灭亡后清朝承接了对丽江的木府统治。无论是明朝还是清朝，其土司的承袭任命都需要报请明清两朝中央政府批准，并按规定进京朝觐面圣。而作为土司承袭的候选人员，明清两代中央政府都有严格的一套专门规定。其目的无非亦是希望延续其家族稳定，避免其家族为争夺土司承袭人而手足相残，骨肉分离，进而威胁到西南边疆的稳定与安宁。
到了清朝中期雍正皇帝在位之时，清王朝为进一步加强封建中央皇权统治。对丽江等木氏土司进行“改土归流”的。实际上就是将其一些地方权利收归中央政府，这样以来木氏土司统治即被开始削弱。木氏一族作为丽江地区的第一名门望族，前后经历元、明、清三朝计470余年之久，一共传袭22代。综上，一部木府家族史就是一段边疆治国史。
木府在丽江前后四百余年的承袭与统治，既亲历了自己家族的繁荣与陨落亦见证了封建王朝的兴衰与更替。（木府前的“忠义”牌楼）时至今日到云南丽江去旅游，仍然在当地流传有“不到木府，等于没来丽江”之说，可见其影响力。作为纳西族的杰出建筑，木府不仅代表了一所建筑，更是纳西族木氏家族曾经辉煌的一种象征。（今日木府全景）。
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