明初的瓦剌和鞑靼满清对于蒙古的征服漠南蒙古满清入关之前的皇太极时期，成吉思汗的黄金家族直系蒙古部落为漠南蒙古的察哈尔部，察哈尔部的首领为林丹汗，为名义上蒙古大汗，但是科尔沁等部对于林丹汗存有异心，后来由于皇太极与科尔沁蒙古联姻，并且联合科尔沁部进攻林丹汗，并最终击败林丹汗，征服了漠南蒙古，皇太极在位时期曾经娶有五个老婆，其中四位来自科尔沁部，另外一位就是来自察哈尔部的林丹汗的老婆囊囊。
满清入关之前对于漠南蒙古的征服漠北蒙古满清入关后，此时漠西蒙古因为皈依为藏传佛教，所以漠西蒙古与藏区关系密切，漠西蒙古中和硕特汗国一度控制青海和西藏地区，但是臣服于清朝，而准噶尔部则在新疆建立准噶尔汗国，并将同属漠西蒙古的土尔扈特部赶走，降服杜尔伯特部；在噶尔丹为准噶尔大汗期间，一度试图统一整个草原，与满清康熙皇帝一决高下，他向东的进攻的首要目标是漠北蒙古，而在准噶尔的压力之下，漠北蒙古投降清朝。
而此后康熙皇帝击败噶尔丹，而此时准噶尔汗国也发生内乱，最终噶尔丹败亡，准噶尔汗国由其侄子掌管。康熙时期击败噶尔丹，降服漠北蒙古（喀尔喀）漠西蒙古雍正皇帝期间，满清兵进青海，击败和硕特汗国的后代罗布藏丹增的叛乱，彻底将青海之地纳入版图，并巩固了对于西藏的统治。乾隆皇帝时期，清军最终攻入准噶尔汗国，灭亡了准噶尔部，后来土尔扈特部从沙俄东归，乾隆皇帝将其安置在准噶尔汗国故地，至此蒙古完全被满清征服。
乾隆时期在攻灭准噶尔汗国之前的形势图满清对于蒙古的特殊民族政策，保证了蒙古人的长期稳定与对于汉人的压迫不同，满清对于蒙古人采取比较温和的民族政策。首先是采取满蒙联姻，并提高蒙古人的政治地位。蒙古人和满族人之间相互联姻，加强沟通联系，蒙古王公的格格嫁入皇族或者满清的格格嫁给蒙古王公为妻子的在清朝非常的常见。
同时下层的蒙古人和满族人之间的联姻也非常多见，而蒙古人在满清的政治地位较高，在满清朝廷中也有较强的影响力，比如满清后期的大将僧格林沁就是蒙古科尔沁部人。清朝咸丰、同治时期的蒙古大将僧格林沁其二是对蒙古人大肆采取分封制，分化蒙古人的力量。满清征服蒙古后，在蒙古人地区，进行大肆分封，将蒙古贵族纷纷封王、封侯，结果蒙古地区的王侯遍地，彼此之间互相牵制，实际上分化了蒙古人力量，此后蒙古人再也难出现核心人物。
三是限制蒙古人和汉人交流。清朝虽然实现大一统，但是汉地与关外的满清旧地，汉地与塞外蒙古人聚居区有着明显的限制，清朝严格先是汉人与蒙古人交往，以此来杜绝汉人帮助蒙古人反抗清朝，同时为了蒙古人对于生产和生活资料的需求，清朝允许政府许可的商人进入到蒙古地区与蒙古人做生意，比如大名鼎鼎的晋商，就是长期从关内向蒙古人输送大量的商品以获取的高额利益。
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