这项制度明眼人一看就知道是有问题的，其最明显的缺陷就是，南方人是适应不了北方寒冷的环境的，而北方人也是适应不了南方瘴气的环境的，这很容易造成“水土不服”的问题。正如明代首辅杨士奇所言：“以陕西、山西、山东、河南、北直之人，往南方极边补伍，以浙江、闽、广、川、湖之人往北边补伍，水土不相习，北人苦于瘴疠，南人苦于严寒，多至死亡”，当时多有发生北方人因不适应南方的瘴气，南方人不适应北方的寒冷，而发生死亡的事情。
与此同时，再加上因交通工具的落后，南方卫军前往北方驻守，所要走过的路程少则千里，多则万里，路途可谓是艰难无比，且当时朝廷所发的盘缠又根本就不可能支撑到目的。由此，当时的卫军活了活命，多是选择在前往驻防地的过程中逃亡，而这就出现了“逃死者多，到卫者少”。总之，明代的卫军之所以会锐减，其最主要的原因就是卫军受不了朝廷与权贵的双重剥削，其不但要忍受月粮、军饷被克扣过半，生活无以为继的命运，还要忍受着朝廷与权贵所给他们带来的沉重的杂役，因此就是在这样的多重压迫下，如若卫军还不懂自救，那等待他们的命运恐怕就只有死亡。
而在此时，能救卫军自己的方法，就只有逃亡，逃出卫所，才有一线生机，如此随着卫军的大量逃亡，“卫所制”的衰落也就无可避免了。其次，“卫所制”会衰落，还与卫所军队的军纪日益败坏有关。卫军的军纪会败坏，这与卫所将官的腐败是分不开的。俗话说得好“兵熊熊一个，将熊熊一窝”，一支军队要想军纪严明，其将领是至关重要的，若军队将领能以身作则，奉公执法，那这支军队的军纪绝对不坏，但若是他们自己贪污腐败，知法犯法，那正所谓“上梁不正下梁歪”，这支军队的军纪势必也就会败坏。
而事实上，自明中期后，随着朝廷日益腐败，卫所的那些将领们不可避免的也走向腐败的道路，“今京营诸将，多贾人子，厚金帛，结中官权贵而为之请讬者耳！夫彼既输财于此，不得不取偿于彼，故有索月钱需常礼，恣意诛求，若以为当然而不可易者。故国家岁漕东南之粟数百万石以赡兵，而兵岁出月粮之半以赡将”，为了升官，他们是拼命的剥削着底层兵士，从而利用这些剥削而来的钱财去贿赂朝中重臣，以此来获得升迁的机会。
而此时底层的兵士因被剥削的厉害，他们的生活早已无以为继，此时摆在他们眼里的选择，要吗就是逃亡，要吗就是兵变，要吗就是去剥削比他们地位还低的贫苦百姓。如此，此时若还留在卫所的兵士，基本上就是那些只知鱼肉百姓的兵士，因此试问就是这些只知鱼肉百姓，却不思训练的卫军，他们的军纪能好到哪里去呢？因此，试问卫所的军队多数都是这么一群只知鱼肉百姓，却不思训练，军纪败坏严重的卫军将士，“卫所制”岂能不衰落呢？如此，这也就难怪，为何到了明中期，明廷会利用募兵去组建作战部队了。
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