现代发酵工业的理念也被应用于普洱茶的生产，比如用调配好比例的黑曲霉、米曲霉、酵母添加到普洱茶中，能调节各种功能性成分的含量，大大缩短发酵时间，降低生产成本，使普洱茶的品质得到提升。黑曲霉和黄曲霉之"争"2010年，广州市疾控中心在当地茶叶市场搜集了70个普洱茶样品，结果所有样品均被检出黄曲霉毒素，其中8个样品黄曲霉毒素超标(参照谷物的限量，每公斤5微克)。
此外，也检测到另外三种真菌毒素:伏马菌素、T-2毒素和呕吐毒素。随后"普洱致癌"的说法一度甚嚣尘上，令消费者疑虑重重，也令商家头疼不已。2013年的另一项调查中，从南昌某茶叶市场采集的60份普洱茶也均检测到黄曲霉毒素，其中有7个样品的黄曲霉毒素含量超过每公斤5微克，其他真菌毒素的检出情况与广州类似。虽然黄曲霉是自然界常见霉菌，普洱茶中确实可能携带，但要真正产生毒素并不容易。
黄曲霉产生毒素需要很多条件，比如温湿度、营养物质，而且还需要携带能产生毒素的基因。而普洱茶的渥堆发酵温度较高，不是黄曲霉喜欢的温度，而且普洱茶的营养成分也不适合黄曲霉的"口味"，因此渥堆中产生毒素的可能性很小。另外有研究发现，黑曲霉和黄曲霉在一起的时候会产生竞争关系。在渥堆发酵的中期，黑曲霉就已经牢牢掌控主动权。
它不仅能够抑制黄曲霉的生长和产毒，甚至能一定程度上降解黄曲霉毒素。大陆和台湾一些学者试验过，分别用能产生毒素的黄曲霉菌种故意污染晒青毛茶，然后模拟普洱茶渥堆发酵，结果发现，即使黄曲霉能够侥幸存活，它也没能产生毒素。普洱黄曲霉毒素从何而来无论普洱生茶还是熟茶，都需要储存起来进行"陈化"，也就是放在库房里继续自然发酵。
储存普洱茶的仓库分为干仓和湿仓两种，主要差异是温湿度和通风条件。在干仓中，普洱茶的自然发酵进程缓慢，即使历经10~20年依然口味醇厚，这也是普洱老茶的魅力和价值所在。湿仓实际上就是提高库房的温湿度，促进霉菌生长，加快后熟发酵进程，有点类似文物的"做旧"，但如果温湿度控制得不好会使茶叶劣变。不过，单纯的湿仓储存并不足以产生黄曲霉毒素，毒素产生更重要的因素是劣质原料、储存不当和货物混放等原因。
上文所述广州和南昌检出黄曲霉毒素的普洱茶均为湿仓储存的廉价普洱茶，普遍在每斤15元以下，最便宜的只有每斤4元。这样的茶叶本身品质不佳，仓储卫生条件更是无从谈起，因此被黄曲霉毒素污染就不足为奇了。所以首先要强调的是，真正品质优良的普洱茶几乎不可能出现黄曲霉毒素污染。其次，普洱茶每次用量很少，大约只有5~10克，而黄曲霉毒素也不溶于水，因此在泡茶的时候，毒素不会进入茶汤，而大家喝茶的时候一般也不会把茶叶吃下去。
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