气候亳州市气候处在暖温带南缘，属于暖温带半湿润气候区，有明显的过渡性特征，主要表现为季风明显，气候温和，光照充足，雨量适中，无霜期长，四季分明，春温多变，夏雨集中，秋高气爽，冬长且干。因气候的过渡性，造成冷暖气团交锋频繁，天气多变，年际降水变化大，全市历年平均气温14.9℃，平均日照2184小时，平均无霜期213天，平均年降水量831毫米。
水文亳州市辖区内流域面积10平方公里以上河道367条，50平方公里以上河道72条，100 平方公里以上河道42条，分属淮河水系和洪泽湖水系。主要干流河道有涡河、西淝河、茨淮新河、北淝河、芡河等。涡河左岸自谯城区牛集镇灵子门行政村代桥自然村首先入境，东南流经涡阳县至蒙城县移村集出境入怀远县，境内长173公里，流域面积4039平方公里；西淝河自谯城区淝河镇入境，东南流经涡阳县，至利辛县展沟镇出境 入凤台、颍上县界，境内长123.4公里，流域面积1871平方公里；茨淮新河自利辛县大李集镇入境，向东流经利辛县境南部，至蒙城县邹楼出境入怀远县，境内长66公里，流域面积1401平方公里。
亳州老街自然资源土地资源亳州市土地总面积为852258公顷，其中农用地面积707929公顷，建设用地面积124790公顷，未利用地面积19539公顷。2005年土地利用现状变更调查资料显示：亳州市有农用地707929.44公顷，占土地总面积的83.07%，其中耕地598701.97公顷，在三县一区土地利用中均占主体地位，在各县区空间上的分布较为均匀；园地6725.02公顷，主要分布于谯城区；林地23189.03公顷，在各县区均有分布，以谯城区为最；牧草地108.11公顷，约80%的牧草地分布于涡阳县；其他农用地79205.31公顷，各县区其他农用地在其农用地中所占比例以蒙城县为最高，其次是利辛县。
亳州市有建设用地124789.60公顷，占土地总面积的14.64%，其中城乡建设用地105135.62公顷，各县区城乡建设用地占其建设用地总规模比例介于76.49%-90.37%之间，高低顺序依次为谯城区、涡阳县、蒙城县、利辛县；交通运输用地8987.81公顷，均匀分布于各县区；水利设施用地9484.50公顷，过半分布于利辛县；其他建设用地1181.67公顷，主要分布于涡阳县、蒙城县。
亳州市有其他土地19538.94公顷，占土地总面积的2.29%，在各县区分布比例谯城最高，利辛最低，涡阳、利辛两县居于两者之间。亳州市境内主要湿地公园类型名称面积（平方公里）国家湿地公园蒙城北淝河国家湿地公园8.95利辛西淝河国家湿地公园5.86涡阳道源国家湿地公园4.26省级湿地公园利辛阚泽省级湿地公园4.25资料来源：矿产资源亳州市地下煤炭、石油资源非常丰富，累计查明资源储量57亿吨，其中煤炭储量达50.2亿吨，位列全省第三位。
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